Mage Academy on eeppinen Japanilainen seikkailutarina hyvästä ja pahasta. Pelaat Rei, nuori tyttö, joka on opiskelija academy of magic, joka rahoitettiin tavoitteena pitää vahva maagi vankina, jotta hän ei vallata maailmaa. Mutta kun olet säännöllisesti tarkastuksessa, huomaat outoja hirviöitä kutsuttu koulussa. Se ei ole hyvä merkki. Raiskaukset ja huudot seuraavat perässä. Sinun täytyy tappaa kaikki hirviöt, kunnes kohtaat viimeisen pomon, Mage Xeroxin, joka haluaa valloittaa maailman. Seikkailu tulee paljon sukupuoli taisteluita ja ne ovat kaikki animoituja.