Mage Academy er en episk Japansk eventyrhistorie om godt versus ondt. Du spiller som Rei, en ung pige, der er studerende ved academy of magic, der blev finansieret med det mål at holde en stærk troldmand fanget, så hun ikke overtager verden. Men mens du er på en regelmæssig inspektion, bemærker du mærkelige monstre indkaldt i skolen. Det er ikke et godt tegn. Voldtægt og skrig følger efter. Du bliver nødt til at dræbe alle monstre, indtil du står over for den endelige chef, Mage, der ønsker at overtage verden. Eventyret kommer med masser af køn kampe, og de er alle animerede.