Nano-Control mengikuti kisah seorang pemuda yang pergi ke Little Eden untuk tinggal bersama ayahnya. Komune ini agak terpencil karena tidak ada akses internet atau sinyal telepon. Pada awalnya, hal-hal tampak sangat membosankan. Tetapi pemuda itu segera menemukan bahwa gadis-gadis di komunitas ini sangat berpikiran terbuka. Anda akan memainkan RPG dewasa ini dari sudut pandang pemuda dalam cerita. Dan tujuan utama Anda adalah membuat harem sempurna yang diisi dengan cewek remaja dan MILF panas. Anda memiliki sedikit bantuan dari beberapa kekuatan pengendalian pikiran.