Manual Hero on funky high school draama visual novel kanssa twist. Kierre on, että pelaat päähenkilö (Mooses oletuksena), joka herää uudessa kehossa, elää uutta elämää. Hän tajuaa, että hänen on täytynyt kokea reinkarnaatio, koska viimeinen asia, jonka hän muistaa, on hirvittävä lento-onnettomuus. Hän kuitenkin hyväksyy kohtalonsa ja jatkaa uutta elämäänsä lukion Abina. Outoa on se, että olet luokkatoveri Peter Parkerin, Gwen Stacyn ja kuuman punapään kanssa. Eikö olekin hullua? Pelaa peliä ja selvittää mysteeri.